ＡＤ２０２９ （Tokyo-3）
碇シンジ（28歳） この物語の主人公。１４年前に死んだアスカの幻影に今も縛られている。壱中の英語教諭として、第３新東京市に戻って来たが、使徒（Lost Number's Angels、ＬＮＡ）の復活と共に、再び決戦兵器エヴァンゲリオン（第四話まではG.E.D.-Mk.2、第五話からはPOWERED-EVA）に乗り込む。 |  |
 | 琉条（りゅうじょう）・ アスカ・ホーネット（14歳） 最終決戦で死んだ惣流・アスカ・ラングレーに全く瓜二つの少女。その謎は、出生を始めとして、実に多い。青年シンジは、彼女の存在に、常に悩まされていくことになる。 |
日向マコト（39歳） 第三衝撃（Ｔ．Ｉ．Ｃ．）以降、世界７地域に軍事展開する国連軍対使徒実動部隊（UN-Force SS、陸、海、空、戦略空、各軍種より選抜）を実効統括したエリート集団『ＰＯＷＥＲＳ（パワーズ）』の高級幹部。特務機関『ネルフ』を再建し、その司令官となる。 | |
長門レミ（29歳） 日向の忠実な副官。階級は、国連軍一等特尉（Captain/SECRET AGENCY） 。口数の少ない日向に対して、ほのかな思慕の情を抱いている。 | |
青葉シゲル（39歳） 日向特佐（後に上級特佐）の理解者であり大親友。日向自身の要請により、国連軍欧州軍団（ＥＵＳＳ）シュトゥットガルド研究所（Ｆａｂ．２５）軍務参事官から「ネルフ」本部へ復帰。その右腕的存在となるのだが・・・ | |
青葉（旧姓：伊吹）マヤ（38歳） 青葉シゲルの妻。その初々しい若さは、今の年齢になっても失われていないようだ。 | |
鈴原トウジ（28歳） シンジの旧友。旧型エヴァンゲリオン参号機の元・パイロット。国連軍大洋州軍団（ＯＣＳＳ）所属の軍医だったが、使徒の復活と共に、第4適格者（Forth Qualified Person）として、特務機関ネルフに強制転属。ＬＮＡの侵攻する第３新東京市へやって来た。 | |
鈴原ツバサ・アサヒ（7歳） トウジとヒカリの間に生まれた二卵性双子の兄妹。ツバサの方は父親譲りの本国語（関西弁）に誇りを持っており、自然とアサヒはツッコミ役（年齢に比してその精神年齢が高い）に徹している。起動実験においては、二人とも史上最高の潜在能力を示した。 | |
山城ゴウキ（54歳） シンジの勤める市立第壱中学校の教頭先生。生徒思いの先生だが、恐い顔をしているので、女生徒たちからの評判はよろしくない。だが、しかし、一部の男子生徒からは隠れた圧倒的人気のアニキ系オヤジ。空手道５段、合気道６段。座右の銘は「one for all, all for one（一人はみんなの為に、みんなは一人の為に）」である | |
大和ダイスケ（28歳） シンジの同僚の音楽教諭。その持ち前の明るさで、悩みがちなシンジを支える。 | |
利根川カリン（14歳） アスカの親友（喧嘩友達？）。放課後演奏会（木曜会）の仲間の一人。アスカ、セイカとともに、壱中三大美少女に数え上げられる。 | |
大淀セイカ（14歳） 同上。ただし、この子は、眼鏡っ子だ。 | |
アレクサンドル・ツーロン（？歳） 国連軍軍事参謀委員会に影響力を持つ事務総局付・首席補佐官。 「パワーズ」創設の立役者。ノイエ・ゼーレの黒幕という噂もある。 |