（第３使徒／サキエル戦）
１５年振りの使徒（the 3rd angel）の来襲により、エヴァンゲリオン初号機、起動！ 父・碇ゲンドウは、久しぶりに再会した息子シンジを目の前にして冷然と言い放った。
「
他の人間には無理だからな・・・ 乗るなら早くしろ！ でなければ、帰れっ！！」
（第４使徒／シャムシエル戦）
シャムシエル（the 4th angel）来襲。監視される為に同居しているに過ぎないのだと感じたシンジは、保護者のミサトに対して反発の意を示そうとするも、後に仲直り。この頃、生涯の親友、鈴原トウジ・相田ケンスケの両名と知り合いになる。
（第５使徒／ラミエル戦）
実用長距離兵器（Ｌ−オプション）不在の虚を衝かれ、ラミエル（the 5th angel）来襲。ヤシマ作戦、発動。日本中の電力が二子山山頂に結集して行く中で、零号機パイロット・綾波レイは不安を口にするシンジに対して静かに呟いた。
「
貴方は死なないわ・・・ 私が護るもの・・・」
（第６使徒／ガギエル戦）
第二適格者（２ＱＰ）、惣流・アスカ・ラングレー、弐号機専属パイロットとして、日本に来日。偶然（？）に入り込んだ碇シンジとの相性の良さを赤木リツコ博士が注目（通称：赤木データ）。ダミーシステム（ＤＰＳ）に並行して、エヴァンゲリオンのコア統制に対する複合操作（ＭＰＯ）研究がスタートする。
（この時期、加持リョウジはネルフ司令・碇ゲンドウに対して、独国ネルフのムルマンスク博士より第１使徒、
ＦＡ_アダムのオリジナルを持ち帰る）
（第７使徒／イスラフェル戦）
碇ゲンドウ不在の中、第7使徒（the 7th angel）来襲。碇シンジ＆惣流アスカの適格者同士の男女ペアに対する新たなる可能性が模索される。
（第８使徒／サンダルフォン戦）
シンジ＆アスカ、熱膨張（！）で第８使徒（the 8th angel）を撃破！！
（第９使徒／マトリエル戦）
ネルフ本部、テロ活動により電源施設が停止。手動発進により第９使徒（the
9th angel）を撃破。この後、この事件を機としてゼーレ主導による反キール体制活動の大弾圧、およびゼーレ本体に対する内部粛正が秘密裏に開始される。
（この時期、ゼーレ上級幹部の一人、琉条キョウスケ博士夫妻、長野県の山中で娘のアスカ・ホーネット嬢と共に謎の転落死。その真相は闇の中へと葬り去られる。）
（第１０使徒／サハクイエル戦）
ロンギヌスの槍、南極から第３新東京市へ・・・ 碇ゲンドウ、使徒撃退に功績のあった息子シンジを公衆の面前で誉め称えるも、後に帰国してから適格者（３ＱＰ）としての碇シンジの可能性を全て
否定したいかのような発言を繰り返すようになり、部下である赤木リツコ博士に対して速やかなる複合操作（ＭＰＯ）研究の停止を指示。米国ネルフのノーフォーク博士に対して、第１適格者・綾波レイのデータを割譲する代わりとして、
ダミーシステムの技術移転を要請した。
（第１１使徒／イロウル戦）
ＭＡＧＩ−１−（１）に対する使徒の侵入。この事件の経緯と、この後に行われた機体相互互換試験の実験結果を見た碇ゲンドウは、手持ちの
綾波レイを主体とした
Ｅ計画の発動に一層の自信を深める事となる。
（第１２使徒／レリエル戦）
シンジの適格者としての才能が、数値的にも一番に優れているという事実が段々と公的に実証され始める。そんな最中、レリエル（the
12th angel）の構成するディラックの海の中で、シンジは己の深層意識の深遠を垣間見る事となるが・・・
（第１３使徒／バルディエル戦）
米国ネルフ、ムルマンスク博士の再三の制止勧告を無視して、バンガー＝ムルマンスク型のＳＳＤ（Super Sorenoid Drive）臨界実験を強行。責任者のバンガー博士と共に、米国ネルフ第２支部施設およびエヴァンゲリオン四号機、消滅。被害の甚大さに怖れをなした米国政府は、アダム計画からの撤退を表明。無傷のＥＶＡ参号機、日本ネルフへの移送が決定。だが、しかし、その輸送の最中に、第１３使徒（the 13th angel）が寄生してしまい、この事件が碇シンジとシンジの親友、鈴原トウジ（４ＱＰ）を巻き込んだ更なる悲劇へと発展して行った。
（第１４使徒／ゼルエル戦）
碇シンジ、トウジの一件で父親に反逆。第３新東京市からも離れでようとしている最中に第１４使徒ゼルエルが侵攻を開始。ここの所、シンジに（パイロットの重要さで）負け続けていると感じていたアスカが嬉々として迎撃に向かうも敢え無く敗退。切り札Ｎ２爆雷を抱えた綾波レイも敗退して行く最中、加持リョウジの物言いに決意を新たにした碇シンジは己の進むべき道を選択する。そしてネルフ本部に居残る碇ゲンドウに対して厳然とこう言い放った。
「
乗せて下さい！ 僕は、エヴァンゲリオン初号機パイロット、碇シンジです！！」
（第１５使徒／アラエル戦）
加持リョウジ、死亡。碇ゲンドウと冬月コウゾウ氏の画策するＥ計画の真実を暴き出した報告文書は、人知れず、彼の愛する葛城ミサトの手元へと移動する。一方、ここの所、様々な原因からシンクロ率が下がる一方だった惣流・アスカ・ラングレーは、ミサトの制止命令を無視してアラエル（the
15th angel）戦に出撃。使徒の心理攻撃を受けて敗退。ゲンドウの命を受けてロンギヌスの槍を使用した綾波レイ（１ＱＰ）に命を救われた事から彼女のプライドはズタボロとなる。
（第１６使徒／アルミサエル戦）
使徒の侵入を受ける零号機、動けない弐号機、ゲンドウの命により出撃したシンジの初号機が、第１６使徒の接触攻撃の危険性に曝されたとき、綾波レイ（二代目）の進み行く道は決定した・・・ 彼女が最後に見る夢は、ゲンドウであったか、シンジであったか・・・
一方、悲しみから立ち直った葛城ミサトは、亡き加持リョウジの心を確かに受け取り、彼の後を受けてＥ計画の真実に迫り行く事を決意する。加持リョウジという心からの支えを失ってシンジの元から失踪するアスカ・・・。実は生きていた綾波レイ（三代目）・・・。ゲンドウに利用されていたにすぎないのだと気付かされゆく赤木リツコ・・・。物語は最終局面に向けて果てしなく錯綜する。
（第１７使徒／タブリース（渚カヲル）戦）
失踪したアスカが無事に保護された事をシンジは知らない。加持さんが好きなアスカや、己を知らない綾波レイ（三代目）の現実に打ちのめされたシンジは、廃墟となった第３新東京市を一人で歩いていた。そこに聞こえて来る第９のメロディ・・・ 彼の名前は、渚カヲル。５番目の適格者（５ＱＰ）にして、最後に遣わされた約束の使徒（the
17th angel）でもある彼だった・・・。
（最終使徒／ＰＯＥ_アダム戦）
初めて好きだと行ってくれた人（カヲル）をこの手で殺さざるを得なかったシンジは、苦悩する。己は何の為に生きているのか？ 何故ＥＶＡに乗るのか？ だが、しかし、セントラルドグマ、ヘブンズドアの向こう側に隠されていたリリス（第２使徒）を媒介として降臨するアダム（第１使徒→P.O.E.）の登場が、全ての苦悩を押し流す。平等にやって来る死の恐怖。綾波レイ（三代目）の挺身死・・・。ゼーレの介入により、壊滅して行くネルフ本部の施設の中で、シンジはアスカに告白する、「
僕はアスカの事が好きだ」と・・・。一方、その前夜、葛城ミサトは、自分に好意を持ってくれている日向マコトに対して、最後で最後の
我が侭（おねがい）を託していた・・・
（このあまりに BIG.T オリジナル（(^^;）な最終回の内容だけは、しょうがないのでＥＶＡＮＧＥＬＩＯＮ２（ツヴァイ）外伝：
最後の闘い ”ＴＨＥ ＬＯＶＥＲＳ”において、BIG.Tが描いておきます！ BIG.T版E.O.Eだと思って読んで下さい。(T-T)b）